Zespół Mikrobiologii i Toksykologii Środowiska
- Laboratorium mikrobiologii środowiskowej
- Laboratorium biodeterioracji
- Laboratorium hodowli komórek i badań toksykologicznych
Zespół Konwersji Biomasy i Procesów Fermentacyjnych
- Laboratorium technologii biokonwersji
- Laboratorium analiz fizyko-chemicznych
Zespół Inżynierii Środowiskowej
- Pracownia technologii utylizacji odpadów
- Pracownia procesów fermentacji beztlenowej i składu biogazu
- Laboratorium chromatograficzne